La fauna es rica y variada. Entre ellas se encuentran: tapires, pecaríes (conocidos como: tayato o saino), jaguares, (yaguaretés o también "tigres criollos), pumas, ucumares u osos de anteojos (Tremarctos ornatus),3 monos caí yungueños, ardillas coloradas (o nueceros), tarucas, armadillos, yaguarundíes, ocelotes, zorros, perezosos bayos y gran variedad de aves entre las que se cuentan el cóndor, el águila harpía (la mayor águila del planeta) y varias especies de colibríes.
En los ríos también se pueden encontrar bogas, sábalos, bagres, dorados y también lobitos de río en las riberas.
Otros habitantes característicos de estos ambientes acuáticos son las aves como el Pato de los Torrentes, el Mirlo de Agua y el Hocó Oscuro, que pueden ser observados entre las rocas de los ríos. Estás son aves de variadas formas y colores que habitan los diferentes pisos de vegetación de la selva, encontrándose desde las majestuosas águilas crestadas hasta el minúsculo picaflor enano.

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