Entre las muchas especies de ejemplares de la selva se encuentran el cebil, el guayabo, el tarco (jacarandá), el guayacán (o "palo santo"), el yuchán, la maroma y el lapacho, debajo de ellos aparecen helechos arborescentes de hasta 4 metros de alto, que dificultan el tránsito. Esto, sumado a la lejanía de los centros poblados, han permitido conservar casi intacta la fauna del parque.
A mayor altura crece el bosque montañoso formado por el cedro salteño (Cedrela), el pino del cerro, el queñoa y el aliso.
En las laderas es posible distinguir distintos pisos de vegetación, originados por las diferencias de altura y de humedad disponible. El nivel inferior de las Yungas corresponde a la denominada “Selva Pedemontana” representada por arboles de Tipa, Pacará y Cebil, acompañados por el Jacarandá y el Cochucho. 
Al ascender por encima de los 500 metros sobre el nivel del mar, se encuentra la “Selva montana”. Aquí la humedad es mayor y las epífitas -plantas que crecen sobre otras sin parasitarias- tapizan las ramas o cuelgan como cortinas; mientras que lianas y enredaderas trepan por los troncos buscando la luz. En el sotobosque, musgos y helechos cubren el suelo y las rocas. El majestuoso Laurel de la Falda se sobresale debido al inmenso grosor de su tronco, que puede alcanzar los dos metros de diámetro y se ramifica cerca de la base.
A partir de los 800 m.s.n.m. comienza el “Bosque Montano” en donde la humedad aumenta no solo por las lluvias, que en algunas zonas alcanzan 3.000 milímetros anuales, sino también por las nubes que se recuestan sobre los faldeos. Aquí se destacan el Nogal, el Aliso y el Pino del Cerro.
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